目前我國城鎮污水處理廠采用的消毒方式主要有：紫外、次氯酸鈉、二氧化氯和臭氧等，常單一應用或組合聯用。
紫外消毒是利用紫外線對微生物的核酸產生光化學危害，從而產生消毒作用[4]，但紫外線沒有持續消毒作用，存在光復活現象[5]；
次氯酸鈉為中性小分子，極易擴散到帶著負電的細菌表面，穿透細菌細胞壁，氧化并破壞細菌的酶系統達到消毒目的[6]。
次氯酸鈉消毒過程中會產生余氯，余氯依然具有持續消毒能力，能有效抑制殘余細菌的復活和繁殖，但余氯對水生生物和魚類也會造成一定的毒性影響，不同魚類對氯的敏感性也不一樣，一般在0.1～0.001 mg/L之間[7]；
二氧化氯消毒是利用其強氧化性來破壞微生物的酶系統，從而導致反應產物的分解破壞，使細菌死亡[6]。相對于次氯酸鈉消毒，二氧化氯消毒在抑制消毒副產物三鹵甲烷形成以及降低總有機鹵的生成等方面具有一定的優越性[8]，但二氧化氯制備成本較高；
臭氧消毒的機理是利用其強氧化性來破壞微生物的細胞膜結構繼而達到滅菌的效果。臭氧在水中半衰期大約30 min[6]，由于其消毒持久性相對較差，一般需和氯消毒配合使用。
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